Хірург, доктор медичних наук, професор, заслужений діяч науки і техніки України.
У 1960 році закінчив лікувальний факультет ДМІ з відзнакою. З 1960 по 1967 року працював хірургом, головним лікарем Новопокровської районної лікарні Дніпропетровської області, де набув певного досвіду практичної та організаційної роботи. З 1967 по 1970 рр. – аспірант кафедри госпітальної хірургії Дніпропетровського медичного інституту. Успішне навчання в аспірантурі було завершено достроковим захистом кандидатської дисертації «Про взаємозв’язок нагнійних захворювань легенів і плеври з хронічним тонзилітом».
З 1970 по 1974 рр. – асистент, а потім доцент кафедри шпитальної хірургії. З 1974 до 1981 рр. працював головним хірургом Дніпропетровського обласного управління охорони здоров’я та одночасно продовжував за сумісництвом працювати доцентом кафедри шпитальної хірургії. У 1977 році з успіхом захистив докторську дисертацію на тему: «Гострий холецистит». У 1984 році йому було присвоєно наукове звання професора.
З 1981 року Микола Матвійович Бондаренко – завідувач кафедри госпітальної хірургії №1, з 1983 по 1996 рр. – завідувач кафедри хірургічних хвороб №3. У 1996 році у Дніпропетровській медичній академії внаслідок об’єднання кафедр загальної хірургії лікувального факультету і кафедри хірургічних хвороб №3 було створена кафедра хірургічних хвороб, яку очолював професор М.М. Бондаренко до 2002 року. З 2002 року – професор кафедри загальної хірургії.
М. М. Бондаренко – відомий вчений, педагог, хірург вищої категорії. Вірний учень та послідовник свого видатного вчителя, професора Д. П. Чухрієнка.
Основні напрями науково-практичної діяльності – торакальна хірургія та питання невідкладної хірургії органів черевної порожнини. Автор понад 300 наукових праць, у тому числі – 5 монографій: «Инфаркт кишечника», «Инородные тела человека», «Клинико-патогенетические аспекты хирургического лечения язвенной болезни желудка» та інші, підручника з хірургії та навчальних підручників. Має 10 винаходів та патентів України, 40 раціоналізаторських пропозицій. Під його керівництвом захищено 2 докторські та 10 кандидатських дисертацій.
Протягом багатьох років Микола Матвійович Бондаренко проводив велику консультативно-лікувальну роботу на базі лікарні швидкої допомоги. Для нього хворий був понад усе, в будь-який час доби Микола Матвійович приїжджав в клініку для порятунку життя людей.
Понад 20 років очолював правління Наукового товариства хірургів Дніпропетровської області, почесний голова Дніпропетровської обласної асоціації хірургів України. Нагороджений знаком «Отличнику здравоохранения». За заслуги у галузі вищої освіти нагороджений нагрудним знаком «За отличные успехи в работе», медалями «Ветеран праці», «Захиснику Вітчизни».
Справу вчителя продовжують його учні, викладачі кафедри загальної хірургії, хірурги лікарні клінічної лікарні швидкої медичної допомоги. Науково-методичні напрацювання професора М. М. Бондаренка широко використовуються в навчальному процесі і практичній діяльності хірургічної клініки.
